醫學實驗動物研究所成立于1980年，是中國醫學科學院的專業研究所之一。研究所是從事實驗動物學和比較醫學科研與教學的專業研究所，是國內唯一的集實驗動物和疾病動物模型資源創制、保種和生產供應、比較醫學技術研究、及實驗動物技術培訓于一體的研究單位，是國家級的傳染病和新藥創制研究的實驗動物技術平臺的承擔單位，是衛生部人類疾病比較醫學重點實驗室和國家中醫藥局三級實驗室。研究所通過了國家實驗室認可及國際AAALAC認證。
　　研究所使命是為生物醫藥研究提供實驗動物資源、人類疾病模型資源、比較醫學分析、評價技術服務和人才培訓，實現實驗動物資源、技術、信息交流和人才的支撐。
　　研究所主要研究領域包括：基因工程動物模型研制；人類疾病動物模型的研制；比較醫學研究；實驗動物品系的保種和供應；實驗動物質量檢測技術研究。

　　自成立至今共培養112名研究生（66名碩士，46名博士），5名博士后；定期舉辦實驗動物專業的培訓班，每年兩次的北京地區的實驗動物上崗培訓。積極參加中國科協主辦的科技周和科普日宣傳活動，向公眾普及了實驗動物科學知識、先進技術和理念，提高大眾對實驗動物的科學認識，增強民眾的實驗動物知識素養。
　　研究所是中國唯一的國家級實驗動物學和比較醫學專業研究機構，并在以下三個方面引領國內實驗動物學科的發展，是國內實驗動物學界與國際交流的窗口。
　　（1）研究所是全國實驗動物質量檢測中心和衛生部質量檢測中心的掛靠機構，負責對全國的質量檢測分中心提供技術支持和監督；
　　（2）研究所是中國實驗動物學會和中國實驗動物標準化委員會的掛靠單位，是《中國實驗動物學報》和《中國比較醫學雜志》的發行單位，是全國實驗動物人才的培訓基地；
　　（3）研究所是國家級的傳染病防治和新藥創制研究項目的實驗動物技術平臺承擔單位，負責提供實驗動物資源和技術服務。